Fakültemiz ülkemiz su ürünleri sektörünün gelişimine ve sorunlarının çözümüne yönelik olarak; Mesleğinde yeterlilik sahibi, özgüvenli, sorun çözme yeteneğine sahip mühendisler ve bilim insanı yetiştirmek, su ürünleri yetiştiriciliğinde yeni teknolojiler geliştirmek ve uygulamak, kültürü yapılabilecek yeni türleri araştırarak sektöre kazandırmak, su ürünleri sektöründe karşılaşılan sorunları belirlemek ve çözümüne yönelik projeler geliştirmek, avcılıkta kullanılan av araç ve gereçlerinin modernizasyonu, Avrupa Birliği (AB) Ortak Balıkçılık Politikası kapsamında ülke ve bölge balıkçılığının gelişmesine yönelik mevcut metotların güncellenmesi ve stokların korunmasına ilişkin araştırmaları yapmak, sulak alanların korunması, biyoçeşitliliğinin belirlenmesi ve türlerin devamlılığının sağlanması için araştırmalar yapmak, su ürünleri sektöründe çalışan personelin eğitimine yönelik faaliyetlerde bulunmak, projeler üreterek bilimsel ve sektörel araştırmalar yapmaktır.
Su Ürünleri Mühendisliği alanında donanımlı, konularında uzman, yaratıcı, girişimci, kendine güveni tam, çözüm üretebilen bireyler yetiştirmek, ulusal ve uluslararası düzeyde etkin araştırma-geliştirme (AR-GE) çalışmaları yaparak, bilgi üreten ve alanında lider bir kurum olmaktır.